机械工程（一级学科）硕士点是在1958年设立的渔业机械专业的基础上发展而来的，1998年挂靠捕捞学科硕士点招收“机械设计及理论”硕士研究生，2000年获“机械工程”二级学科“机械设计及理论”专业硕士研究生培养资格，2010年9月获得“机械工程”一级学科硕士学位点，涵盖了机械设计及理论、机械制造及其自动化、机械电子工程、车辆工程4个二级学科硕士点及工程硕士学位授予点。2011年起至今，按机械工程一级硕士学位点招生。
本硕士点由上海海洋大学深渊科学技术研究中心、海洋工程研究所、渔业节能研究所等一批研究机构支撑；拥有一批国内外知名的海洋工程装备领域顶尖高级专门人才，师资力量雄厚；拥有海洋工程、动力工程、海洋新能源、海洋物联网等相关先进实验室和专业文献资料；始终与国际前沿保持紧密接触，把握国际前沿方向；承担有科技部863项目、科技支撑计划、国家海洋局专项、国家自然科学基金等项目多项，在国内海洋工程领域有明显优势。
机械工程（专业学位）硕士点是在“机械设计及理论”硕士研究生学位点基础上发展而来的，2007年获得“机械工程”工程硕士授予权；2009年非全日制在职研究生开始招生，2010年全日制专业型研究生开始招生。
本硕士点依托渔业节能研究所、海洋工程研究所以及上海电气临港重装备产学研实践基地、上海汽车乘用车公司等研究生实践教育基地，面向海洋工程与装备、水产养殖工程、食品加工机械、海洋能源开发与应用、现代物流、汽车工程等工程领域，促进现代设计技术、自动化技术、信息技术、物联网工程以及新材料科学在上述领域中的应用。
主要研究领域：海洋工程与装备、海洋可再生能源开发与应用、海洋物联网工程、智能制造技术与系统等。
主干课程：数理统计、计算方法、现代控制工程、机电系统控制技术、机械CAD/CAE应用技术、机械振动、海洋可再生能源等。
培养目标：要求硕士生全面掌握机械设计制造及自动化的相关基础理论知识，了解机械工程学科特别是海洋工程学科的现状和发展方向；掌握基本的研究方法，具有独立工作能力和分析问题、解决问题的能力；具有开拓创新精神；具有较宽广的知识结构，能熟练运用计算机等现代信息技术手段；能胜任机械工程、海洋工程领域相关研究、设计、制造等工作。