机械设计制造及其自动化：
上海海洋大学“机械设计制造及其自动化”专业设立于1958年，2011年获得“机械工程”硕士学位点，2018获“海洋工程与信息”二级学科博士学位授权点。2021年通过了工程教育专业认证，为我校首个通过专业认证的专业。2022年获得国家级一流本科专业。本专业拥有“上海市海洋可再生能源工程技术研究中心”、“上海市深渊科学工程技术研究中心”、“上海市水下机器人工程技术创新中心（校企共建）”等省级平台。依托“彩虹鱼”载人深潜器、“淞航号”远洋调查船等教学科研载体，构建了特色实践教学体系和海洋科普教学基地；牵头学校现代产业学院建设工作，与上海新松机器人有限公司、上海华力集成电路有限公司、上海贝思特电气有限公司、上海遨拓深水装备技术开发有限公司、翔港科技、晋飞碳纤、米思米等10余家行业龙头企业和专精型企业建立了校企联盟，开展产教融合工作。本专业设有“智拙视觉”、“新松”等企业奖学金。近三年获得省级教学成果奖3项，国家级精品课程1门，宝钢奖等教学名师3人，学生参与大学生创新项目和学科竞赛比例达到80%以上。
本专业培养具有社会主义核心价值观，适应社会发展和经济建设需求，掌握数学、自然科学，具备机械设计制造和计算机科学、信息技术、自动控制技术交叉学科知识，从事机械产品设计、制造和运行控制等方面工作的高级应用型专业人才。
工业工程：
上海海洋大学工业工程专业2003年招收本科生，每年招收50位左右的学生。立足上海先进制造业和临港智能制造产业发展需求，致力于培养具备复杂系统分析、规划、设计、管理和运行能力的工管结合复合应用型人才。培养过程中结合周边产业资源，强化人工智能、智能制造、工业互联网与大数据等新兴技术在工业工程领域的应用，在本专业优质师资的基础上，聘请上海汽车集团股份有限公司、中国商用飞机有限责任公司、上海电气重装备公司、上海苏尔寿工程机械制造有限公司等企业的资深工程师为企业导师，双向互动形成人才培养合力。
工业工程专业始终以本科教育为根本，经过近20年的建设，在教学、科研、人才培养和社会服务方面取得了丰硕的成果。近三年，专业教师主持国家及省部级纵向科研项目13项，企业横向课题多项，其中国家自然科学基金项目1项，国家科技部蓝色粮仓重点专项子课题2项及上海市科委、农委项目多项。发表学术论文60余篇，在科研和教学方面获得很多奖项，包括上海市科技进步奖、海洋科技奖、教学成果奖，及校级自然科学成果奖和校级教学成果特等、一等奖等奖项。
电气工程及其自动化：
上海海洋大学在2006年组织筹建工程学院，这为工科专业的发展提供了良好的空间和平台。2006年申报并获批新增“电气工程及其自动化”专业。2007年秋季该专业开始首次招收本科生；结合我校学科发展整体布局和已具备的软硬件条件，确定我校电气工程及其自动化专业方向设置为电力电子与电力传动，专业层次定为应用型。2010年电气工程及其自动化专业通过上海市新专业检查，2011年批准授予工学学士学位。2018年获批“海洋科学”博士点，下设“海洋工程与信息”方向，2019年获批“电子信息（控制工程方向）”专业硕士学位授权点。2022年为上海市一流本科专业建设点。
本专业在教学和科研上发展迅速，聚焦电能变换和智能运动控制领域，具有广阔的专业发展前景。电气工程及其自动化专业拥有上海海洋可再生能源工程技术研究中心和上海深渊科学工程技术研究中心省部级平台，以及上海海洋大学实验教学示范中心和中国大学生iCAN创新创业实践教育基地。。
测控技术与仪器：
测控技术与仪器专业成立于2018年，本专业服务上海与长三角区域经济发展，培养德智体美劳全面发展、具备社会主义核心价值观、社会责任感、职业道德和创新精神，能在传感技术、智能仪器、测控自动化系统等相关领域从事产品设计、技术开发、运行管理、科学研究等工作的复合应用型工程技术人才。
学生在毕业后五年左右能达到的目标包括：能够综合运用基础理论、专业知识和交叉学科知识，分析和研究智能仪器与检测、智能传感与控制技术相关领域复杂工程问题。具备系统思维及问题分析决策能力，能够跟踪测控技术工程领域前沿技术，运用现代工程技术从事测控技术相关领域的研发、设计、技术服务和管理工作。恪守工程职业道德规范，能够在工程实践中综合考虑可持续性发展因素影响；具有工程项目与团队管理的能力。具备主动适应新理论、新技术发展的能力，拥有自主的终生学习习惯和能力。
机器人工程：
机器人被称为是“制造业皇冠顶端的明珠”，是衡量一个国家科技创新和高端制造业水平的重要标志。为了培养机器人工程领域的专业技术人才，工程学院深度聚焦机器人智能感知与优化控制方向，于2021年9月正式开设机器人工程专业，专业代码080803T。机器人工程专业是一门在真实世界环境下将感知、决策计算和执行驱动组合在一起的应用交叉学科，综合应用自然科学、工程技术、社会科学、人文科学等相关学科的理论、方法和技术，研究控制科学与工程、机械工程、计算机科学与技术、材料科学与工程、生物医学工程和认知科学等领域中所涉及的机器人智能感知、优化控制与系统设计、人机交互模式等科学技术和前沿问题。该专业旨在为国家、区域培养掌握新技术、应用新技术、创造新技术，能顺应市场需求的高层次复合型人才。